Rozpad mRNA w komórkach bakterii jest zwykle o wiele szybszy niż w komórkach eukariotycznych. W tych ostatnich istnieje jednak również bardzo krótkotrwały mRNA. Degradacja w obu przypadkach wydaje się wynikać z jakiegoś wydarzenia inaktywującego, nie zaś z naturalnego starzenia się cząsteczek mRNA. Warto jeszcze wspomnieć, że mRNA odznacza się czasami bardzo złożoną strukturą przestrzenną. Wydaje się, że w mRNA eukariotycznych może również występować bogata struktura przestrzenna. Z powyższego opisu mRNA wyłania się nader złożony system regulacji rozmaitych wydarzeń, w których cząsteczka ta uczestniczy. System ten oparty jest przede wszystkim na oddziaływaniu między nukleotydami. Regulacja prawidłowego przebiegu translacji zależy nie tylko od sekwencji kodujących białko, ale również od towarzyszących im sekwencji nie kodujących. Wszystkie one jednak, z wyjątkiem końcowej poli A, zapisane są w DNA. Zatem program wewnętrznej regulacji samego procesu translacji jest również zapisany w DNA. Termin cistron jest tu równoważny z terminem gen. Obok policistronowych mRNA w bakteriach występują również mRNA kodujące tylko jeden polipeptyd. Ten ostatni typ mRNA jest natomiast jedynym, jaki występuje w cytoplazmie komórek eukariotycznych. Brak tam zupełnie mRNA policistronowych. Natomiast zarówno prokariotyczny, jak i eukariotyczny mRNA zawierają fragmenty, które nie kodują sekwencji białkowych. Odgrywają one ważną rolę w strukturalnym organizowaniu procesu translacji.