Same mutacje nie są wyłącznym powodem olbrzymiej zmienności informacji zawartej w DNA występujących na Ziemi. DNA każdego organizmu jest przecież zestawem genów, a jego zawartość informacyjna zależy nie tylko od tego, jak wyglądają poszczególne geny, ale również od tego, w jakim zestawie i w jakim porządku w ramach danego zestawu geny występują. Przechodzimy tym samym do podstawowych pytań postawionych w drugim etapie rozwoju biologii molekularnej. Pytania te dotyczą ogólnie zawartości informacyjnej DNA w genomach różnych organizmów. Czy znajduje się w nim coś jeszcze poza genami kodującymi określone białka? Do jakiego stopnia skład DNA różnych genomów jest podobny? W jakim stopniu zależne są ilość i treść przenoszonej informacji od bezwzględnej zawartości DNA w pojedynczym genomie? Równie intrygujące jest dla biologów pytanie: jak powstały geny i różne ich liniowe kombinacje — chromosomy? Wiemy już, że DNA może gromadzić przypadkowe mutacje i że jest to praktycznie jedyny mechanizm odpowiedzialny za dostarczanie nowych układów sąsiedztwa zasad. Nie wiemy do tej pory, jak w procesie powstawania życia na Ziemi doszło do ustalenia się dzisiejszej relacji gen—białko. Możemy jednak wyliczyć, że jeżeli funkcjonalny gen miałby powstać w drodze przypadkowych mutacji przypadkowej, niefunkcjonalnej sekwencji DNA o długości na przykład 400 nukleotyścią wyraźnie nie używanego DNA. Czy jest to pamiątka po ślepej uliczce ewolucji, czy też może DNA ten pełni jakąś uboczną funkcję, dostatecznie jednak ważną, by równoważyła niebezpieczeństwa związane z replikacją i podziałem tak wielkiej ilości materiału genetycznego? A może mamy tu do czynienia z przejawem samolubności DNA? Samolubny DNA i samolubny gen to terminy wprowadzone stosunkowo niedawno do biologii i służące do określenia pewnej, wciąż hipotetycznej właściwości DNA, mianowicie dążności do replikowania i zachowywania również tych sekwencji, które nie mają żadnego związku z cechami fenotypu, istnieją jakby same dla siebie.