Obok fuzji komórek, w czasie której dochodzi do połączenia się całych genomów, przeprowadza się również transformację za pomocą wyizolowanego DNA. Procedura transformacji pozwala na wniknięcie do komórki biorcy tylko niewielkich fragmentów genomu dawcy, zawierających co najwyżej kilkanaście genów. Ponieważ zarówno fragmentacja dłuższych odcinków DNA, jak i rodzaj pobranego przez komórkę fragmentu są w zasadzie wydarzeniami losowymi, pierwsze doświadczenia z transformacją dawały wyniki zupełnie przypadkowe. Ulepszenie metody transformacji komórek stanowiło właściwy początek rozwoju dziedziny, którą dzisiaj nazywamy inżynierią genetyczną. Postęp dotyczył przede wszystkim metody kontrolowania fragmentacji DNA. Zwykle bardzo trudno jest uzyskać z komórek DNA w stanie całkowicie nienaruszonym. Ze względu na wielkość cząsteczek ulega on przede wszystkim degradacji mechanicznej. Długie włókna DNA pękają łatwo w czasie wydmuchiwania roztworu z pipety, zbyt energicznego mieszania itp. Kolejnym niebezpieczeństwem są obecne zawsze w tkankach enzymy trawiące DNA — nukleazy. Uwolnione z komórek podczas homogenizacji atakują i przecinają DNA. Zanim więc rozpocznie się kontrolowaną fragmentację DNA, którą notabene przeprowadza się również za pomocą nukleaz, tylko specjalnie dobranych, trzeba mieć pewność, że wyizolowany preparat jest w minimalnym stopniu uszkodzony. Dostarczanie komórkom bakteryjnym pofragmentowanego w sposób kontrolowany DNA z wybranego źródła, jako materiału do transformacji, można wprawdzie uznać za udział człowieka w konstruowaniu nowych kombinacji genowych jednak jest wciąż kwestią przypadku, które fragmenty bakteria pobierze. Nie jest to więc jeszcze inżynieria genetyczna w pełnym tego słowa znaczeniu.